Действие первой части Half-Life происходило в удалённом подземном научно-исследовательском комплексе «Чёрная Меза». Эксперимент над так называемым «аномальным материалом»[9] привёл к «каскадному резонансу», открывшему портал в другое измерение, Зен, и позволившему враждебной инопланетной цивилизации произвести вторжение на Землю. Играя за Гордона Фримена, учёного, непосредственно принимавшего участие в исследовании, приведшего к этой катастрофе, игрок должен был выбраться из комплекса, проникнуть в Зен и уничтожить лидера враждебной инопланетной цивилизации — Нихиланта, для того, чтобы закрыть портальный пролом и остановить инопланетное вторжение. После этого Гордона принимал на работу человек, известный как G-Man, а бывший учёный помещался в стазис. Half-Life 2 продолжает историю примерно через двадцать лет после инцидента в «Чёрной Мезе» уже в Сити 17 — одном из крупнейших оставшихся городов на Земле, расположенном где-то в Восточной Европе или на территории бывшего СССР.

В начале игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного энергокостюма, который служил ему верным помощником и неоднократно спасал жизнь в первой части игры[10]. Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, во главе которого находится администратор Уоллес Брин, как выясняется позже, бывший руководитель научно-исследовательского центра Чёрная Меза. Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного союза — Альянса. Портальные штормы, начавшиеся после смерти Нихиланта по всей Земле, привлекли внимание Совета Альянса, и вскоре их войска атаковали Землю, начав войну, прозванную «Семичасовой», так как после семи часов войны Брин заставил оставшиеся силы людей сложить оружие, чем и заслужил покровительство Совета и стал полномочным председателем правительства на Земле. Теперь войска Альянса практически полностью контролируют всю планету, кроме лишь нескольких небольших очагов Сопротивления. Благодаря высоким технологиям человечество делает резкий скачок в развитии. Гордон, прибывший в город, видит повсеместную их интеграцию. Часть зданий модифицирована укреплениями из чёрного металла. Местность патрулируют мобильные роботы-сканеры, следящие за обстановкой в городе. В городах работает организация «Гражданской обороны» — специально обученных боевым навыкам людей, поступивших во внутреннюю полицию Альянса. Но самым страшным средством убеждения правительства, наравне с пропагандой, контролем разума и раскинутыми над городами полями подавления цикла размножения, были синтетные роботы—биомашины.